MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017812	CTT	2	6	47	52	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858818
2	NC_017812	TAAT	2	8	80	87	50 %	50 %	0 %	0 %	386858818
3	NC_017812	AGC	2	6	93	98	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858818
4	NC_017812	A	6	6	108	113	100 %	0 %	0 %	0 %	386858818
5	NC_017812	GAATA	2	10	161	170	60 %	20 %	20 %	0 %	386858818
6	NC_017812	TCT	2	6	172	177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858818
7	NC_017812	ATTC	2	8	197	204	25 %	50 %	0 %	25 %	386858818
8	NC_017812	GTTT	2	8	256	263	0 %	75 %	25 %	0 %	386858818
9	NC_017812	ATT	2	6	264	269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858818
10	NC_017812	TAA	2	6	308	313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858818
11	NC_017812	TTG	2	6	333	338	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858818
12	NC_017812	ATTC	2	8	339	346	25 %	50 %	0 %	25 %	386858818
13	NC_017812	ATT	2	6	357	362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858818
14	NC_017812	GTA	2	6	370	375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858818
15	NC_017812	ATTTTT	2	12	378	389	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386858818
16	NC_017812	AATA	2	8	633	640	75 %	25 %	0 %	0 %	386858819
17	NC_017812	TAA	2	6	652	657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
18	NC_017812	TA	3	6	678	683	50 %	50 %	0 %	0 %	386858819
19	NC_017812	TAA	2	6	824	829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
20	NC_017812	TAT	2	6	831	836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858819
21	NC_017812	TTA	2	6	869	874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858819
22	NC_017812	A	7	7	890	896	100 %	0 %	0 %	0 %	386858819
23	NC_017812	GAA	2	6	907	912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858819
24	NC_017812	AAAG	2	8	927	934	75 %	0 %	25 %	0 %	386858819
25	NC_017812	AATA	3	12	959	970	75 %	25 %	0 %	0 %	386858819
26	NC_017812	TAG	2	6	1001	1006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858819
27	NC_017812	TAA	2	6	1028	1033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
28	NC_017812	ATA	2	6	1039	1044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
29	NC_017812	TAA	3	9	1046	1054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
30	NC_017812	AGA	2	6	1055	1060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858819
31	NC_017812	AG	3	6	1185	1190	50 %	0 %	50 %	0 %	386858819
32	NC_017812	AAT	2	6	1251	1256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
33	NC_017812	CAAAG	2	10	1304	1313	60 %	0 %	20 %	20 %	386858819
34	NC_017812	A	8	8	1324	1331	100 %	0 %	0 %	0 %	386858819
35	NC_017812	AT	3	6	1371	1376	50 %	50 %	0 %	0 %	386858819
36	NC_017812	AAGC	2	8	1388	1395	50 %	0 %	25 %	25 %	386858819
37	NC_017812	TAT	2	6	1403	1408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858819
38	NC_017812	A	8	8	1433	1440	100 %	0 %	0 %	0 %	386858819
39	NC_017812	GAA	2	6	1499	1504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858819
40	NC_017812	ATA	2	6	1549	1554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
41	NC_017812	AAAC	2	8	1595	1602	75 %	0 %	0 %	25 %	386858819
42	NC_017812	AAT	2	6	1632	1637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858819
43	NC_017812	TAT	2	6	1644	1649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858819
44	NC_017812	ATT	2	6	1652	1657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858819
45	NC_017812	AGA	2	6	1676	1681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858819
46	NC_017812	AGAAA	2	10	1764	1773	80 %	0 %	20 %	0 %	386858820
47	NC_017812	AGA	2	6	1838	1843	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858820
48	NC_017812	A	7	7	1847	1853	100 %	0 %	0 %	0 %	386858820
49	NC_017812	CAA	2	6	1864	1869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858820
50	NC_017812	T	8	8	1891	1898	0 %	100 %	0 %	0 %	386858820
51	NC_017812	CA	3	6	1932	1937	50 %	0 %	0 %	50 %	386858820
52	NC_017812	ATGA	2	8	1944	1951	50 %	25 %	25 %	0 %	386858820
53	NC_017812	T	6	6	1992	1997	0 %	100 %	0 %	0 %	386858820
54	NC_017812	TAA	2	6	2018	2023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858820
55	NC_017812	AGA	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858820
56	NC_017812	ATTTA	2	10	2039	2048	40 %	60 %	0 %	0 %	386858820
57	NC_017812	AGA	2	6	2060	2065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858820
58	NC_017812	TAA	2	6	2066	2071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858820
59	NC_017812	TGT	2	6	2114	2119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858820
60	NC_017812	AGA	2	6	2138	2143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858820
61	NC_017812	AT	3	6	2211	2216	50 %	50 %	0 %	0 %	386858820
62	NC_017812	TTA	2	6	2241	2246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858820
63	NC_017812	A	6	6	2254	2259	100 %	0 %	0 %	0 %	386858820
64	NC_017812	ATT	2	6	2279	2284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858820
65	NC_017812	AG	3	6	2297	2302	50 %	0 %	50 %	0 %	386858820
66	NC_017812	AGG	2	6	2348	2353	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386858820
67	NC_017812	AAT	2	6	2386	2391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858820
68	NC_017812	GGT	2	6	2411	2416	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386858821
69	NC_017812	TAT	2	6	2437	2442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858821
70	NC_017812	ATT	2	6	2452	2457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858821
71	NC_017812	A	7	7	2461	2467	100 %	0 %	0 %	0 %	386858821
72	NC_017812	AAT	2	6	2540	2545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858821
73	NC_017812	AT	4	8	2565	2572	50 %	50 %	0 %	0 %	386858821
74	NC_017812	AAG	2	6	2673	2678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858821
75	NC_017812	TTAAAG	2	12	2696	2707	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386858821
76	NC_017812	T	6	6	2719	2724	0 %	100 %	0 %	0 %	386858821
77	NC_017812	TAG	2	6	2793	2798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858821
78	NC_017812	TTTTAT	2	12	2902	2913	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386858821
79	NC_017812	ATA	2	6	2931	2936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858821
80	NC_017812	A	6	6	2968	2973	100 %	0 %	0 %	0 %	386858821
81	NC_017812	T	6	6	2977	2982	0 %	100 %	0 %	0 %	386858821
82	NC_017812	ATA	2	6	3030	3035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858821
83	NC_017812	TAAA	2	8	3045	3052	75 %	25 %	0 %	0 %	386858821
84	NC_017812	T	8	8	3087	3094	0 %	100 %	0 %	0 %	386858821
85	NC_017812	A	8	8	3095	3102	100 %	0 %	0 %	0 %	386858821
86	NC_017812	AGA	2	6	3248	3253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858822
87	NC_017812	CAA	2	6	3255	3260	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858822
88	NC_017812	ATT	2	6	3271	3276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858822
89	NC_017812	TTA	2	6	3323	3328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858822
90	NC_017812	AG	3	6	3335	3340	50 %	0 %	50 %	0 %	386858822
91	NC_017812	TAT	2	6	3375	3380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858822
92	NC_017812	TAT	2	6	3485	3490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858822
93	NC_017812	ATTAT	2	10	3499	3508	40 %	60 %	0 %	0 %	386858822
94	NC_017812	GAAG	2	8	3549	3556	50 %	0 %	50 %	0 %	386858822
95	NC_017812	A	7	7	3566	3572	100 %	0 %	0 %	0 %	386858822
96	NC_017812	CAAAA	3	15	3574	3588	80 %	0 %	0 %	20 %	386858822
97	NC_017812	AGCA	2	8	3616	3623	50 %	0 %	25 %	25 %	386858822
98	NC_017812	A	8	8	3639	3646	100 %	0 %	0 %	0 %	386858822
99	NC_017812	TTA	2	6	3666	3671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858822
100	NC_017812	TGAAAA	2	12	3683	3694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386858822
101	NC_017812	A	7	7	3716	3722	100 %	0 %	0 %	0 %	386858822
102	NC_017812	GTT	2	6	4122	4127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858823
103	NC_017812	AT	3	6	4168	4173	50 %	50 %	0 %	0 %	386858823
104	NC_017812	AGA	2	6	4177	4182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858823
105	NC_017812	ACA	2	6	4207	4212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858823
106	NC_017812	GAA	2	6	4229	4234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858823
107	NC_017812	CAA	2	6	4257	4262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858823
108	NC_017812	ATAA	2	8	4301	4308	75 %	25 %	0 %	0 %	386858823
109	NC_017812	TAT	2	6	4325	4330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858823
110	NC_017812	TAT	2	6	6419	6424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858824
111	NC_017812	ATT	2	6	6461	6466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858824
112	NC_017812	ATT	2	6	6484	6489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858824
113	NC_017812	CAT	2	6	6506	6511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858824
114	NC_017812	ATTCCT	2	12	6527	6538	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386858824
115	NC_017812	AT	3	6	6637	6642	50 %	50 %	0 %	0 %	386858825
116	NC_017812	ACA	2	6	6649	6654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858825
117	NC_017812	ATA	2	6	6660	6665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858825
118	NC_017812	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	386858825
119	NC_017812	TGTT	2	8	6691	6698	0 %	75 %	25 %	0 %	386858825
120	NC_017812	ATT	2	6	6714	6719	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858825
121	NC_017812	TTAC	2	8	6728	6735	25 %	50 %	0 %	25 %	386858825
122	NC_017812	TAA	3	9	6763	6771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858825
123	NC_017812	TTA	2	6	6772	6777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858825
124	NC_017812	AAT	2	6	6935	6940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858825
125	NC_017812	CAA	2	6	6960	6965	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858825
126	NC_017812	ATA	2	6	6966	6971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858825
127	NC_017812	ATC	2	6	7020	7025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858825
128	NC_017812	ATT	2	6	7339	7344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858826
129	NC_017812	AATA	2	8	7487	7494	75 %	25 %	0 %	0 %	386858826
130	NC_017812	AT	3	6	7504	7509	50 %	50 %	0 %	0 %	386858826
131	NC_017812	TATT	2	8	7579	7586	25 %	75 %	0 %	0 %	386858826
132	NC_017812	TAT	2	6	7588	7593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858826
133	NC_017812	T	6	6	7612	7617	0 %	100 %	0 %	0 %	386858826
134	NC_017812	AAAT	2	8	7619	7626	75 %	25 %	0 %	0 %	386858826
135	NC_017812	TTA	2	6	7705	7710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858826
136	NC_017812	ATT	2	6	7730	7735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858826
137	NC_017812	TCT	2	6	7738	7743	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858826
138	NC_017812	TAC	2	6	9163	9168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858827
139	NC_017812	TGT	2	6	9188	9193	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858827
140	NC_017812	TTTTA	2	10	9250	9259	20 %	80 %	0 %	0 %	386858827
141	NC_017812	T	6	6	9378	9383	0 %	100 %	0 %	0 %	386858828
142	NC_017812	TTG	2	6	9394	9399	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858828
143	NC_017812	TTA	2	6	9443	9448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858828
144	NC_017812	TAA	2	6	9475	9480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858828
145	NC_017812	ATTA	2	8	9493	9500	50 %	50 %	0 %	0 %	386858828

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.